Afgaaninvinttikoira on rotuna hyvin vanha, vaikkakaan sen tarkkaa ikää ei voida määritellä. Legenda kertoo, että se oli mukana jo Nooan arkissa. Afganistanissa on käytetty vinttikoiria eli tazeja metsästys- ja vahtikoirina todennäköisesti yli tuhannen vuoden ajan. Rotu on läheistä sukua Keski-Idän muille metsästäville vinttikoirille: salukille, taiganille ja taseille. Vaikka islaminuskoiset yleensä halveksivat koiria, Afganistanissa tazi on arvostettu ja kallisarvoinen kumppani, jonka voimasta ja ketteryydestä riippuu koko kylän ravinnonsaanti. Afgaaninvinttikoiraa käytetään pienten ja keskikokoisten riistaeläinten metsästykseen, ja niiden tehtävänä on juosta saalis kiinni ja pidätellä sitä, kunnes omistaja ehtii paikalle ja lopettaa sen oikeaoppisesti. Koira on metsästäessään täysin itsenäinen ja vain oman taitonsa varassa – piirre, joka näkyy sen luonteessa vielä nykyäänkin.
Rotu pysyi kauan tuntemattomana eurooppalaisille. Mielenkiinto näitä koiria kohtaan heräsi vasta vuonna 1839, kun brittiläiset saapuivat Intiasta Afganistaniin. Tästä lähtien aina vuoteen 1922 britit miehittivät maata aika ajoin ja tutustuivat myös vähitellen afgaanien maineikkaaseen metsästyskoiraan. Koiria oli kuitenkin vaikea hankkia, sillä afgaanit eivät olleet halukkaita myymään tazejaan. Niitä piiloteltiin ulkomaalaisilta, mutta saatettiin lahjoittaa jollekin erityisen arvostuksen merkiksi. Ensimmäisen läpimurtonsa Englannissa afgaaninvinttikoira teki vuonna 1895, jolloin uros Shahzada esitettiin ulkomaalaisten koirien luokassa monissa näyttelyissä.
Vuonna 1907 tuotiin Englantiin uros Zardin, joka oli todella hieno rotunsa edustaja, ja jonka mukaan kirjoitettiin ensimmäinen rotumääritelmä vuonna 1912. Pitkäjänteistä kasvatustyötä ei tällöin vielä aloitettu, joten valitettavasti Zardinilla ei ollut vaikutusta jälkipolviin.
Ensimmäisen maailmansodan jälkeen 1920-luvulla kiinnostus rotuun heräsi uudelleen. Intiassa ja Afganistanissa palvelleet brittiläiset upseerit toivat kotimaahan palatessaan useita koiria Englantiin. Koirat olivat peräisin eri puolilta Afganistania ja siksi tyypiltään erilaisia. Majuri Bell-Murrayn tuomat tasankoafgaanit olivat korkeampia, pidempiä ja niukkaturkkisempia kuin Zardin. Ne olivat lisäksi vähemmän kulmautuneita ja niillä oli kapeampi kallo ja pidempi kuono-osa kuin vuoristoseudun afgaaneilla. Sen lisäksi niillä oli uskomattoman hieno ja alkuperäinen ilme, jollaista harvoin enää nykyään tapaa. Majuri ja rouva Mary Amps puolestaan toivat mukanaan Kabulista vuoristotyypin afgaaneita, joita ruvettiin kutsumaan heidän kennelnimensä mukaan ghazni-tyypiksi. Koirien joukossa oli mm. Ch Sirdar of Ghazni, syvänpunainen uros, joka oli selvästi pienempi kuin tasankoafgaanit. Se oli kasvatettu kuningas Amanullahin kuninkaallisessa kennelissä, ja siitä oli tuleva merkittävä siitosuros afgaanijalostukselle kautta maailman. Sirdarin sanottiin suuresti muistuttavan Zardinia.
Vuoristoafgaanit olivat pienempiä ja kootumpia kuin tasankoafgaanit, ja niillä oli voimakkaammin kulmautuneet lavat ja takaraajat sekä runsaammin turkkia. Tyypit erosivat toisistaan myös väreiltään: tasankoafgaanit olivat säännönmukaisesti vaaleita tai juovikkaita eli brindlejä, kun taas mustaa väriä esiintyi vain vuoristoafgaaneissa. Alkuvuosina käytiin katkeraa kiistaa näiden kahden afgaanityypin paremmuudesta. Ghaznit voittivat kilvan, sillä ne menestyivät näyttelyissä paremmin. Vähitellen tyypit sekoittuivat toisiinsa, sillä esim. Sirdaria käytettiin useille Bell-Murray -nartuille. Voidaankin sanoa, että nykyiset afgaanimme ovat valtaosaltaan näiden kahden tyypin yhdistelmiä: tasankoafgaaneilta ne saivat enemmän kokoa, vuoristoafgaaneilta taas kulmauksia ja turkkia.
Englannista afgaanit ovat sittemmin levinneet muualle maailmaan. USA:han niiden voidaan sanoa tulleen vuonna 1925 ja manner-Eurooppaan 1927. Skandinavian ensimmäiset tuonnit tulivat 1930-luvulla Tanskaan, mistä rotu edelleen eteni Ruotsiin.
Suomen näyttelykehissä afgaani on esiintynyt ensimmäisen kerran jo vuonna 1912. Kyseessä oli Afganistanista (mahdollisesti Venäjän kautta) tuotu ”afganistanilais-turkmenistanilainen paimenkoira” uros Erden. Maassamme on saattanut silloin olla useampiakin afgaaneita. Tämän jälkeen kuluikin todella pitkä aika ennen kuin suomalaisissa kehissä nähtiin jälleen afgaaneita, sillä se tapahtui vasta vuonna 1947. Afgaanikasvatus alkoi Suomessa 1940-luvulla, ja 40- ja 50-luvuilla maahamme tuotiin useita koiria Tanskasta, Ruotsista ja Englannista. Rotu oli saamassa tuulta purjeisiinsa, eikä 50-luvulla afgaani ollut enää näyttelykehissä mikään harvinaisuus. Valitettavasti kasvatustyössä kehitys ei ollut kuitenkaan suotuisaa: rotu ei kehittynyt parempaan, ja vuoteen 1957 mennessä kukaan kasvattajista ei ollut enää mukana aktiivisesti. Useimmat koirista olivat kuolleet jättäen ikävän muiston monien mieliin. On kerrottu, että nämä koirat olivat usein luonteeltaan villejä ja vaikeasti käsiteltäviä.
Uudet kasvattajat ja uudet koirat aloittivat ns. ”uuden aallon” Suomen afgaanihistoriassa, ja tämä uusi aalto on perustana nykyiselle hyvälle afgaanikannallemme. Nykyinen afgaanikantamme perustuu 1950-luvun lopulla Ruotsista ja Englannista tuotuihin koiriin. Näillä aloittivat kasvatustyönsä mm. Tuohi-Tikan, El Miharaja ja Mazar-i-Sharif -kennelit. 1960-luvulta lähtien afgaaniharrastus lisääntyi muun koiraharrastuksen lisääntymisen myötä, ja suomalaiset kasvattajat loivat yhteistyössä muiden pohjoismaisten afgaanikasvattajien kanssa tunnetun ja arvostetun pohjoismaisen kannan. Uusia linjoja on tuotu USA:sta, Australiasta ja Euroopasta. Kansainvälisesti arvioiden suomalaisten afgaanien taso on 60-luvulta lähtien ollut korkea, ja suomalaisia afgaaneita onkin viety eri puolille maailmaa Eurooppaan, Amerikkaan ja jopa Japaniin.